La chiesa di Tor Tre Ponti fu realizzata per volontà di Papa Pio VI affinché ai contadini residenti non venissero mai meno i conforti della religione.
La chiesa fu dedicata a San Paolo in ricordo del suo passaggio in quei luoghi “Da Roma i fratelli, che avevano sentito parlare di noi, ci vennero incontro fino al Foro Appio e alle Tre Taverne. Paolo nel vederli, ringraziò Dio e prese coraggio (At 28,15)”, .
L’edificio si presenta architettonicamente a forma di croce latina con transetto evidenziato da una cupola, arricchito da un campanile caratteristico posizionato a nord della struttura; l’aula liturgica è ad una navata centrale ampia e due laterali più piccole alle quali vi si può accedere attraverso un ampio porticato.
Proprio sotto di questo vi è una lapide commemorativa la quale così riporta: “Pius Sextus POM pontini agri a se constanti opere ab inundantibus aquis exsiccati colonis ne Religionis subsidia delessent, Templum in honorem Pauli Apostoli cuius olim pedum vestigiis hic locus consecratus est cum coenobio a fundamentis erexit omnq. Cultu ditavit tuitione eius curaq. Sodalibus Ordinis Cappuccinorum perpetuo conlata. Anno Domini 1796 Pont. XXII”.
La chiesa, presenta un altare “maggiore” del XVI° secolo in marmo lavorato, e proviene dalla chiesa (ormai distrutta) di S. Antonio di Cisterna di Latina.
Il papa Gregorio XIV la fece restaurare nel 1831, nonostante ciò, la chiesa cadde in decadenza a causa principalmente dell’imperfetta bonifica della palude e della malaria che imperava.
Con la bonifica integrale la chiesa fu risanata nel 1934 e l’anno successivo fu istituita come parrocchia dove sino al 1960 fu retta da sacerdoti secolari incardinati nella diocesi.
Dal 1961 la parrocchia è retta da sacerdoti Missionari dei Sacri Cuori di Gesù e Maria.