Il toponimo di origine antica Tre Ponti/Tripontium, riportato nelle iscrizioni di Mesa che ricordano i lavori di bonifica e di ripristino della Via Appia fatti eseguire da Teodorico, conserva la memoria della stazione (la settima da Roma) per il servizio postale pubblico (cursus publicus) di Tripontium, così denominata per la presenza nel sito di un ponte a tre luci, ricostruito nell’ambito dei lavori avviati, in questo tratto della Via Appia antica, dall’imperatore Nerva e conclusi da Traiano (così come riportato dal cippo miliario visibile davanti all’attuale chiesa di S. Paolo nel Borgo di Tor Tre Ponti).
Il toponimo di origine medievale Torre Tre Ponti/Tor Tre Ponti, riportato sia nella documentazione d’archivio di età medievale sia nella cartografia storica relativa agli interventi di bonifica delle paludi pontine a partire dalla prima età moderna, ricorda la torre costruita dalla Comunità di Ninfa a ridosso dell’antico ponte a tre luci dell’Appia antica. La struttura fortificata venne realizzata al fine di controllare e difendere non soltanto il passaggio sulla Via Appia, ma anche il mulino di proprietà comunale, le terre e la peschiera del monastero di S. Maria Tre Ponti. Assai interessante è la strada, segnata nella carta di Giacomo Filippo Ameti (1693), che collegava la Torre di 3 ponte e il contiguo Borgo Longo con la Strada Romana per Napoli (la moderna Via Consolare). Tale strada, peraltro, nel suo prolungamento sia verso nord sia nel versante a sud della Via Appia, collegava Sermoneta di Gaetani con il Casal di Piscinara de’ Gaetani, le Macchie di Fogliano¸ il Lago di Fogliano de’ Gaetani e la Foce di Fogliano sul Mar Tirreno. Nel 1780, nell’ambito delle opere intraprese per la bonificazione delle paludi pontine, furono demoliti i ruderi della medievale Tor Tre Ponti. Con motu proprio del 1777, Papa Pio VI Braschi (1775-1799) dette avvio alle opere per la bonificazione delle paludi pontine. Sin da quella data il sito e l’area di Tor Tre Ponti vennero inclusi nel Circondario pontino, assoggettato alla giurisdizione della Revenda Camera Apostolica.2 Le strutture relative al servizio postale ed al ristoro, attive sin dal 1784, furono completate dopo il 1790. Esse comprendevano anche l’abitazione degli ingegneri della bonificazione pontina, il Quartiere dei Cavalleggeri, i locali per il picchetto dei fucilieri, una scuderia e una cappellina. La Chiesa di S. Paolo ed il convento furono realizzati tra il 1790 e il 1796 (nell’incisione di Carlo Antonini, del 1785, il complesso è rappresentato completo di Chiesa e convento).Il progetto della Chiesa fu elaborato dal tecnico pontificio Francesco Navone; quello del convento dall’ingegnere Gaetano Rappini, insieme al completamento dell’osteria e della posta. Una iscrizione conservata nel portico della Chiesa ricorda che l’intero complesso fu voluto da Papa Pio VI a memoria del passaggio dell’Apostolo Paolo. A partire dalla fine del ‘700 vi fu una rapida decadenza causata dalle vicissitudini napoleoniche in Italia: l’esercito francese usò la Chiesa, il convento e la posta come distretto di guarnigione. Nel 1831 Papa Gregorio XVI restaurò la Chiesa. E’ del 1934 un successivo restauro, in occasione del quale Gelasio Caetani donò un altare del 1572, fino ad allora ubicato presso la Chiesa di Sant’Antonio in Cisterna di Latina.
